Na avaliação do coordenador do Fórum Mineiro dos Comitês de Bacia, Wilson Akira Shimizu, os comitês têm muito a contribuir nessa área por meio dos Planos de Bacia que elaboram. No entanto, não basta incluir ações de saneamento em seus planos. É fundamental que haja articulação para que os planos sejam incluídos nos orçamentos dos governos locais. Para isso, é preciso forte participação e mobilização na bacia, liderada pelo comitê.

O programa Água Limpa, do governo de São Paulo, é um exemplo do resultado da ação  dos 21 comitês do estado. O programa trata esgotos por meio do sistema de lagoa de estabilização e tem priorizado os 220 municípios com até 50 mil habitantes. Em 2005,  começou, apenas 42% do esgoto produzido na região eram tratados. Até o final do programa, previsto para 2012, o índice terá subido para 82% de tratamento do esgoto, segundo Lupércio Ziroldo Antonio, do Fórum Nacional dos Comitês de Bacia. De acordo com ele, a realização do Água Limpa só foi possível graças à inclusão do tema nos planos de bacia e do trabalho de articulação dos comitês.

Os planos de bacia devem incluir projetos para tratamento de água e esgoto, coleta e manejo de resíduos sólidos e manejo das água fluviais urbanas. A Agência Nacional de Águas dá apoio técnico aos comitês de bacia de rios federias para a elaboração dos planos de bacia.

A regulação da Agência Nacional de Águas na área de saneamento ocorre por meio da emissão da outorga de direito e da cobrança pelo uso da água nas bacias de rios federais. As companhias de saneamento solicitam outorga da ANA , que define as condições de captação dos recursos hídricos daquela bacia para tratamento e de uso diluição de esgoto. Nas bacias hidrográficas onde já foi instituída a cobrança pelo uso da água, conforme determina a Lei 9.433/97, as companhias de saneamento outorgadas pela ANA pagam pelo uso da água. O dinheiro arrecadado é transferido para os comitês de bacia, para investimento local, de acordo com os planos de bacia aprovado pelas plenárias desses comitês e pelo CNRH (Conselho Nacional de Recursos Hídricos).

Já a oferta e regulação dos serviços de saneamento prestados à população (tratamento e distribuição da água; coleta e tratamento de esgoto e resíduos sólidos e manejo das águas de chuvas)  é uma atribuição local, do município ou do estado.

Para estimular investimentos em tratamento de esgotos, a ANA criou o Prodes (Programa de Despoluição de Bacias Hidrográficas), que paga ao prestador do serviço de saneamento desde 30% do valor da Estação de Tratamento de Esgoto (ETE), que atende populações acima de 200 mil pessoas, até 100% do valor do empreendimento, caso ele beneficie até 20 mil pessoas. Para mais informações acesse http://www.ana.gov.br/prodes/prodes2011.asp.